او در سال‌هایی که اوج فعالیت گروه‌های الحادی و مارکسیستی بود، برای نجات نسل جوان علاوه‌بر فعالیت در مجامع دینی و دانشگاهی در تأسیس برخی از نشریات وزین (مانند مجله دانش‌آموز، آیین اسلام، پرچم اسلام، مجموعه حکمت و مکتب تشیع) پیشگامی داشت و به‌عنوان عضو برجسته آنها مقالات و مباحث تفسیری، تحقیقی، تاریخی، سیاسی و اجتماعی ارزنده و آگاه‌کننده‌ای می‌نوشت.
کمتر آثاری از این عالم مجاهد را می‌توان یافت که حاصل جلسات و مبارزاتش (چه در مساجد و مجالس و چه در تبعید و زندان ) نباشد و در جریان حوادث و میدان عمل «محک» زده نشده باشد. آنچه‌ موجب امتیاز قلمش می‌شود: استقلال مکتبی، فکری و ادبی اوست که هیچ‌گاه با الفاظ و عبارت در قالب کتاب‌ها بازی نکرد‌ یا آن را وسیله مداحی و سود‌جویی و کسب شهرت قرار نداد تا مانند برخی از اهل قلم و تحقیق در گوشه آرامی بنشیند و به قطر کتاب‌ها و آمار تألیفاتش بیفزاید.
خود در این زمینه بیان می‌دارد: «از خصایص قرآن و درک قرآنی که شاید کمتر توجه داشته باشیم این است که بعضی از مسائل و حقایق قرآن در ضمن حرکت برای انسان تفهیم می‌شود، نه نشستن در یک گوشه‌ای و این تفسیر و آن تفسیر و این بیان و آن بیان، این اظهارنظرها را دیدن و اینها را جمع‌کردن». در‌واقع این طالقانی و یاران همفکر و شاگردان مکتبش بودند که در چنین برهه‌ای از تاریخ «اسلام ذهنی و سنتی» را متحول کردند و به «اسلام اجتماعی و انقلابی» تبدیل کردند. از مساجد به دانشگاه‌ها بردند و حرکت نویی را پی‌ریزی کردند. با آنکه هر‌چند گاه خانه و کتابخانه‌اش مورد هجوم و دستبرد مأمورین غارتگر ساواک قرار می‌گرفت و به قول همسرش «مأمورین شاه سرزده به خانه می‌ریختند، از کتابخانه تا آشپزخانه را زیر‌و‌رو می‌کردند». مع‌ذالک باهمه مشکلات سیاسی، اجتماعی و خانوادگی و ناآرامی و نبود امکانات کافی هیچ‌وقت دست از قلم بر نداشت و ضعف و سستی از خود نشان نداد و همچنان به رسالت خود ادامه داد. آثار و تألیفات این عالم مجاهد مجموعه‌ای است از تألیف، تفسیر، ترجمه، مقاله و خطابه که حاصل یک عمر مطالعات، مباحثات، تجربیات، مبارزات و زحمات طاقت‌فرسای آن مرحوم است که با تمام محدودیت‌ها، محکومیت‌ها، تهمت‌ها، تحریم‌ها و فشارهای روحی آنها را به رشته تحریر درآورده است.

به اعتقاد بسیاری از علما و اندیشمندان اسلامی این آثار و تألیفات در احیای تفکر دینی و بازگشت به قرآن و هدایت جوانان و روشنفکران و ایجاد حرکت انقلاب اسلامی ایران، تأثیر بنیادی و تاریخی داشته است». به قول صاحب‌نظری «همه آثار و تألیفات آیت‌الله طالقانی، اگر نام تفسیر ندارند ولی عملا محور قرآنی دارند و همواره از سرچشمه قرآن جاری شده‌اند و به همین دلیل است که اینها همیشه تازه، همیشه زنده و همیشه حاوی مطالب ارزنده است». اگر‌چه تاکنون کمتر بررسی علمی و نقد و نظر جامعی درباره آرا و اندیشه‌های دینی و سیاسی و اجتماعی آیت‌الله طالقانی عرضه شده و روش‌ها و برداشت‌های عمیقش در «پرتوی از قرآن» به جهات برخی از دیدگاه‌های سیاسی بعد از وی مکتوم مانده و آثار و تألیفاتش کمتر در بین عامه مردم به‌ویژه نسل جوان شناخته شده است؛ اما برخلاف تصور برخی از تنگ‌‌نظران و کوته‌اندیشان این آثار همچنان در صفحات زرین نهضت بیدارگری دینی و بازگشت به قرآن‌ و مبارزات ضد‌استبدادی و استعماری جهان اسلام و تاریخ مبارزات مردمی و انقلاب اسلامی ایران جاوید خواهد ماند.